NEB计算规范

物理意义、目标

帮助我们更好的搜索TS，理解反应过程
帮助从动力学上分析反应的可行性

计算流程

给定初态和末态后进行插点搜索计算TS

VASP 计算主要参数和流程

1.计算参数： - INCAR
SYSTEM = NEB-CO2→CO+O
IBRION = 3
POTIM = 0
IOPT = 3
SPRING=-5
LCLIMB=.TRUE.
IMAGES=6
NCORE=4

2.流程 * 初末态结构：通过结构优化得到较为合理且稳定的初末态结构 * 插点

** MS

 * 在Materials Studio中，使用Tools中的Reaction Preview工具进行设置 : 给定初末态结构→设置Number of frames(默认20帧)→合理的设置插点个数进行插点（插点个数要被核数整除）
 * 插点后可自行查看路径上结构，并进行合理的微调

** 使用郭老师的脚本进行插点

 * 需要提供初末态的POSCAR文件（优化后的CONTCAR)，并对所在文件夹进行命名

 * 使用脚本rxview进行所插点结构的生成

   命令为 rxview ./初态结构所在文件夹名字/POSCAR 终态结构所在文件夹名字/POSCAR -f auto -s --output POSCAR --pbc --single -n 总文件数（=插点数+2）

 * 产生相应的文件数，分别命名为00-0n(n=插点数+1)，且在00与0n中提供初末态结构的OUTCAR

结果分析

对OUTCAR，CONTCAR等进行分析

VASP 结果分析

计算检查
离子步NSW不要超过200步，建议100步。
如果没有收敛，
- 结构200步内接近收敛，把CONTAR改成POSCAR继续计算；
- 结构100步左右已经飞掉，计算停掉
收敛标志：
用nebresults.pl 产生一系列neb的结果文件，查看neb.dat最后一列是否由负变正（意味着能量变化是开口朝下的抛物线）
使用nebef.pl命令查看00-07点各自的力是否达到所设置的收敛标准（EDIFFG）
使用jmol观察运动轨迹是否正常
vasp_progress.log或者.out文件中文末是否出现：reach required accuracy……话语，出现则达到收敛标准
NEB结果查看步骤：
根据上述标准查看是否收敛
无论收敛与否，都进行结构与能量的查看
对于结构，可以使用Jmol或者ASE查看
对于能量，nebef.pl命令查看并绘制能量曲线或者用ASE查看
对不合理的结果进行改进
对neb计算得到合理过渡态结构进行频率计算，合理的过渡态应该有且只有一个沿着反应方向进行伸缩振动的虚频。
对不合理的结果进行改进
查看初末态结构是否合理，是否结构相差太大：如果结构相差较大，则可以尝试调初末态结构或调大EDIFFG找到一个合适的中间体进行计算
查看频率计算的结果，如果结果没有虚频或振动方向不对，表明不是过渡态；可能是中间体或者稳定态；
根据一些键长信息判断插点的合理性

作图

[内容]

Tags

Date